Zdroji dotací jsou zejména:
- státní rozpočet (dotace schválené rozpočtovým zákonem a dotace z kapitoly Všeobecná pokladní správa),
- rezortní kapitoly (na organizace převedené z ministerstev na kraje),
- státní fondy (Státní fond tržní regulace, Státní fond životního prostředí, Státní fond pro zúrodnění půdy, Státní fond pro podporu a rozvoj české kinematografie, Státní fond kultury, Státní fond rozvoje bydlení, Pozemkový fond),
- územní samosprávné celky (kraje, obce),
- mimostátní zdroje (především z EU).